Settefisk
Nekton Settefisk har to settefiskanlegg for produksjon av smolt. Anleggene ligger på Smøla og i Aure Kommune. Den årlige produksjonen er på 3,5-4 millioner smolt, hvor 75% av volumet selges eksternt på kontrakter. Resterende selges på spotmarkedet. Smolten som produseres har en størrelse på 100-300 gram før den sjøsettes. Fra år 2027 er det planlagt å øke produksjonen til 6,5 millioner smolt årlig, etter utvidelse av Nekton Settefisk, Aunvågen.
Postsmolt
I 2011 fikk selskapet en FOU-konsesjon for utvikling av flytende lukkede oppdrettsanlegg for produksjon av stor postsmolt på sjø (200g-1kg). Hovedsamarbeidspartnere her er NOFIMA AS, avdeling Sunndalsøra.
I 2012 ble et produktutviklingsprosjekt for tette anlegg basert på duk innvilget fra Regional Forskningsfond Midt Norge. Samarbeidspartnere er SINTEF Fiskeri og Havbruk AS, NOFIMA, Freshwater institute, NTNU, Botngaard AS, Osland Havbruk, ITT Flygt, Aqualine, Aquastrutcture, US Naval Academy.
I 2016 utviklet selskapet i samarbeid med Fishfarming Innovation og BetonmastHæhre (Rødsand) en betongmerd med mulighet for oppsamling av slam og fôrspill. Dette med støttemidler fra Averøy Kommune og forskningsrådet.
Matfisk
Nekton Havbruk AS har i dag to konsesjoner for produksjon av matfisk. En visningskonsesjon og en Grønn C konsesjon. Matfisken til Nekton Havbruk produseres i samarbeid med SalMar ved samlokalisering. Produksjonen er estimert til 3000 tonn årlig. I tillegg leier Nekton AS en undervisningskonsesjon i 10 år fra Møre & Romsdal fylkeskommune frem til 2034.